A Presidente do Conselho de Administração é Leonor Beleza, tendo sido nomeada, com mandato vitalício, por António Champalimaud no seu testamento. Acompanham-na João Silveira Botelho e António Horta Osório sob o presente mandato 2020-2024. Da Comissão Executiva fazem parte Leonor Beleza (Presidente) e João Silveira Botelho (Administrador).

A Comissão de Ética da Fundação Champalimaud tem como principal missão divulgar e assegurar a observância dos mais elevados padrões de ética no exercício da sua atividade no âmbito das ciências biomédicas, atuando como órgão consultivo da Fundação e procedendo à análise e reflexão de todas as questões de ética inerentes à prática médica.

O Conselho Científico Consultivo (SAB) é composto por cientistas internacionalmente reconhecidos e aconselha a liderança da Fundação sobre a direção da pesquisa científica, a qualidade e o impacto dos programas de investigação e investigadores.

A missão da Ombuds da Fundação Champalimaud é promover uma cultura ética e cívica no seio da instituição, apoiando a aplicação dos seus valores e fomentando o diálogo respeitoso. A Ombuds ouve as preocupações dos colaboradores, identifica problemas, avalia situações mais sensíveis e atua como mediador entre as partes envolvidas. Dá aconselhamento sobre para onde devem ser direcionadas as preocupações e medeia conflitos para chegar a soluções justas e construtivas. Para além disso, a Ombuds desempenha um papel preventivo ao identificar áreas onde a intervenção pode ser necessária para implementar boas práticas e condutas. As principais características da Ombuds incluem independência, confidencialidade, neutralidade, informalidade e acessibilidade, assumindo-se como um elemento de confiança para todos os membros da comunidade da Fundação Champalimaud.